• Полная замена традиционного топлива биотопливом невозможна из-за специфики двигателей и недостатка опыта внедрения.
• Ресурсной базы земли и пресной воды может не хватить для производства биотоплива в сопоставимых масштабах.
• Биотопливо может использоваться как дополнение к существующим видам топлива.
• Объемы производства биотоплива могут превысить доступные запасы природных ресурсов, что создает угрозу земледелию.
• Низкий коэффициент полезного действия преобразования солнечной энергии в биомассу ограничивает переход на биотопливо.
• Теплопотери при сжигании биомассы также являются ограничивающим фактором.
• Улучшение естественного фотосинтеза может стать возможным выходом, но пока находится на экспериментальной стадии.